Ύστερα από την άλωση της Κωνσταντινουπόλεως από τους Οθωμανούς (1453) και την κατάλυση της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, έλειψε κάθε διοικητική οργάνωση και υπαγωγή στην κεντρική διοίκηση. Αναπτύχθηκαν τότε τοπικές ομάδες με κοινά συμφέροντα σε μικρότερες ή μεγαλύτερες περιοχές, ανάλογα με την εδαφική διαμόρφωση του τόπου και την παρουσία ή μη του κατακτητή. Κατά την περίοδο της τουρκοκρατίας, την συνέχεια της βυζαντινής παράδοσης διατήρησε η Μεγάλη Εκκλησία (δηλαδή το Ορθόδοξο Οικουμενικό Πατριαρχείο της Κωνσταντινουπόλεως) με τα προνόμια που του παραχωρήθηκαν από τον κατακτητή και τον εθναρχικό ρόλο που ανέλαβε ο Πατριάρχης. Η εκκλησία παρέμεινε το μόνο οργανωμένο σύστημα που επέζησε στον δουλωμένο χώρο του Ελληνισμού και μάλιστα πέραν από τον θρησκευτικό και πνευματικό της ρόλο, ανέλαβε και δικαστικά, διοικητικά και φορολογικά καθήκοντα. Από την πρώτη στιγμή της κατάκτησης ο Πατριάρχης αναγνωρίστηκε ως ο ανώτερος εκκλησιαστικός και πολιτικός αρχηγός του δουλωμένου Ελληνικού έθνους και σ’ αυτόν αφέθηκε η διοίκηση του χριστιανικού στοιχείου, αλλά συγχρόνως και η ευθύνη για την τέλεια υποταγή του.