Η αναφoρά στο Κάστρο των Ιωαννίνων ουσιαστικά ταυτίζεται με την ανίχνευση των απαρχών της ίδιας της πόλης. Η έλλειψη πρώιμων αρχαιολογικών ευρημάτων, εκτός από λείψανα κτιρίου ελληνιστικών χρόνων που εντοπίστηκαν κάτω από το βυζαντινό λουτρό στην αυλή του Σουφαρί-σεράι και η ασάφεια των ιστορικών πηγών προβλημάτισαν από νωρίς τους μελετητές για το χρόνο ίδρυσης των Ιωαννίνων. Βασισμένοι σε μια περιγραφή του Προκοπίου στο έργο του “Περί κτισμάτων”, σχετικά με το χώρο στον οποίο μετοίκησαν κατά τον 6ο αιώνα μ.Χ. οι κάτοικοι της πόλης Εύροιας της Θεσπρωτίας, που μοιάζει με αυτόν των Ιωαννίνων, υποστήριξαν ότι η νέα Εύροια ταυτίζεται με τα Ιωάννινα. Η σύγχρονη έρευνα όμως, βασισμένη σε ενδελεχέστερη μελέτη των χωρίων του Προκοπίου, των ιστορικών γεγονότων αυτής της περιόδου και της συστηματικής έρευνας του χώρου κοντά στην αρχική Εύροια, σε συνδυασμό με την παντελή έλλειψη αρχαιολογικών ευρημάτων εκείνης της περιόδου από το Κάστρο των Ιωαννίνων, δίνει πειστικότερη απάντηση, αφού τοποθετεί τη νέα Εύροια στο λόφo Καστρίτης Θεσπρωτίας. Η τοποθεσία αυτή εισχωρεί στην Αχερουσία λίμνη, βρίσκεται απέναντι από την αρχική Εύροια (το σημερινό χωριό Γλυκή) και ανταποκρίνεται στις περιγραφές του Προκοπίου. Επιπλέον, στο χώρο αυτό επισημάνθηκαν μεσαιωνικά λείψανα.
Πρέπει ‘να φθάσουμε στον 9ο αιώνα μ.Χ. για να συναντήσουμε την πρώτη αναφορά στα Ιωάννινα, μέσα από το όνομα του επισκόπου Ιωαννίνων Ζαχαρία. Ήδη έχουν συμβεί καταλυτικές πολιτικές ανακατατάξεις. Οι επιδρομές των βαρβαρικών φύλων και η νέα πολιτική του βυζαντινού κράτους οδήγησαν σε μαρασμό τα μέχρι τότε αστικά και θρησκευτικά κέντρα. Τον 9ο αιώνα η Νικόπολη παύει να υπάρχει ως οργανωμένο αστικό κέντρο.