Η Λυδία Παπαδάκη σπούδασε νεώτερη ιστορία. Το 1986 απέκτησε το μεταπτυχιακό της τίτλο D.E.A. από τη Σορβόννη και το 1996 το διδακτορικό της δίπλωμα από το King's College London. Οι επιστημονικές της δημοσιεύσεις επικεντρώνονται σε κοινωνικά και ιδεολογικά ζητήματα του 19ου αιώνα. Έχει διδάξει στο τμήμα εκπαίδευσης και αγωγής στην προσχολική ηλικία του Πανεπιστημίου Αθηνών και σήμερα διδάσκει στο Ελληνικό Ανοιχτό Πανεπιστήμιο.