Από τις σημαίες που σώζονται στη συλλογή του Μουσείου της Ιστορικής και Εθνολογικής Εταιρείας, πρέπει να ξεχωρίσουμε τις παλαιότερες που αρχικά κοσμούσαν τις τέσσερις γωνίες της Αίθουσας Τροπαίων των Ανακτόρων. Οι περισσότερες από αυτές δεν είναι σήμερα παρά τμήματα σημαιών με χρωματισμούς αλλοιωμένους και παραστάσεις μισοσβησμένες από το χρόνο. Δεν παύουν όμως να αποτελούν ιερά κειμήλια των αγώνων του Έθνους και σύμβολα Ελευθερίας.
Οι περιπέτειες των σημαιών αυτών είναι σημαντικές. Μετά τη λήξη του Αγώνα της Ανεξαρτησίας, την Καποδιστριακή εποχή και τα πρώτα χρόνια της βασιλείας του Όθωνος, όσες σημαίες είχαν διασωθεί παραδόθηκαν στο οπλοστάσιο του Ναυπλίου και αργότερα αποτεθήκαν στην Αίθουσα Τροπαίων των Ανακτόρων.
Το 1909, ύστερα από τη μεγάλη πυρκαϊά των Ανακτόρων, αρκετές από τις σημαίες αυτές καταστράφηκαν και άλλες διασώθηκαν σε κακή κατάσταση. Τότε μεταφέρθηκαν στο Υπουργείο των Στρατιωτικών και παραδόθηκαν στην Ιστορική Εθνολογική Εταιρία της Ελλάδος για να διαφυλαχθούν, μαζί με τα άλλα κειμήλια του Έθνους, στο Μουσείο της. Σημειώνουμε ότι οι σημαίες αυτές συντηρήθηκαν προσεκτικά και ταξινομήθηκαν. Τα τελευταία ιδίως χρόνια έγινε συστηματική εργασία με σύγχρονη τεχνική, από ειδικευμένο προσωπικό του Εθνικού Ιστορικού Μουσείου.