Το Εκκλησιαστικό Μουσείο Ρεθύμνου λειτουργεί από το 1995, χάρη στη πίστη και στην αφοσίωση του πρωτοπρεσβύτερου του Ναού π. Χαράλαμπο Κ. Καμηλάκη. Τα ιερά αυτά κειμήλια που βρίσκονται στο Μουσείο αποτελούν δημιουργήματα πίστης του λαού, όπως εικόνες, ιερά σκεύη, βιβλία.

Τα εκθέματα προέρχονται από τον Ιερό Μητροπολιτικό Ναό Εισοδίων της Θεοτόκου Ρεθύμνου. Έτσι με την προτροπή του Μητροπολίτου Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου κ.κ ΘΕΟΔΩΡΟΥ, και με την απόφαση του Εκκλησιαστικού Συμβουλίου του Μητροπολιτικού Ναού Εισοδίων της Θεοτόκου, απεφασίσθη η λειτουργία του Εκκλησιαστικού Μουσείου.

Εκθέτονται αντικείμενα που μαρτυρούν την ιστορία του ελληνικού πολιτισμού και της θρησκείας, από το 1816 μέχρι και το 1992.